El taller
El Taller ELIXIR-México reúne a quienes crean, mantienen y usan recursos para las ciencias de la vida en México: bases de datos, herramientas, repositorios y colecciones. Se organiza con la colaboración de ELIXIR, la infraestructura europea de datos para las ciencias de la vida.
El hilo común son los principios FAIR: que los datos y los recursos sean encontrables (Findable), accesibles (Accessible), interoperables (Interoperable) y reutilizables (Reusable). Por ejemplo, una base de datos es encontrable cuando aparece en un catálogo con un identificador persistente, e interoperable cuando describe sus datos con vocabularios que otras bases entienden.
SEMANA 1
Del lunes 16 al jueves 19 de noviembre · de 10:00 a 13:30 h
Semana 1. Taller de Recursos bioinformáticos: interoperabilidad y perspectiva internacional
La primera semana convoca a quienes crean y mantienen recursos para las ciencias de la vida en México, con el propósito de fortalecer su calidad, su interoperabilidad y su preparación para el uso de inteligencia artificial. Se revisan el diagnóstico de los recursos mexicanos elaborado por la Global Biodata Coalition, los catálogos y servicios de ELIXIR y las herramientas para evaluar qué tan FAIR es un recurso. Al final de la semana se espera contar con una lista actualizada de recursos nacionales, anotados en registros internacionales.
Lunes 16 de noviembre Día 1 · Recursos bioinformáticos en ciencias de la vida: perspectiva internacional Una ponencia en inglés
Descripción y horario
Apertura del taller: la infraestructura y los servicios de ELIXIR, un panorama histórico de la bioinformática en México con el diagnóstico de la Global Biodata Coalition, y los repositorios universitarios de la UNAM.
Horario
| Hora | Actividad |
|---|---|
| 10:00–10:15 | Bienvenida y presentación de participantesEquipo organizador |
| 10:15–11:00 | Infraestructura y servicios de ELIXIRKatharina Heil · a distancia · en inglés |
| 11:00–11:30 | Descanso |
| 11:30–12:30 | Panorama y perspectiva histórica de la bioinformática en México; diagnóstico de la Global Biodata CoalitionJulio Collado-Vides |
| 12:30–13:30 | Los acervos de la UNAM en acceso abierto a través de las plataformas institucionales de la Dirección General de Repositorios Universitarios (DGRU)Tila María Pérez Ortiz, Rubén Sáenz y Laura Olguín Pérez · a distancia |
Martes 17 de noviembre Día 2 · Bases de datos y recursos en México
Descripción y horario
Presentaciones breves de bases de datos y recursos desarrollados en México: regulación transcripcional e ingeniería metabólica en bacterias, factores de transcripción en bacterias y arqueas, epidemiología molecular de patógenos emergentes, genómica del frijol, productos naturales de Latinoamérica y microbiomas de cultivos. El día cierra con grupos de trabajo para diagnosticar el estado de cada recurso.
Horario
| Hora | Actividad |
|---|---|
| 10:00–10:40 | RegulomePA, base de datos de regulación transcripcional en Pseudomonas aeruginosa PAO1, y EraGene, base de datos de reacciones recurrentes en ingeniería metabólica en Escherichia coliAgustino Martínez Antonio · a distancia |
| 10:40–11:00 | Entraf, enciclopedia de factores de transcripción en bacterias y arqueasErnesto Pérez Rueda · a distancia |
| 11:00–11:30 | Descanso |
| 11:30–11:50 | Epidemiología molecular de patógenos emergentes en humanos y en el ambienteUlises Garza Ramos |
| 11:50–12:10 | Phabase: plataforma y ensamblaje genómico de alta calidad del frijol Phaseolus vulgaris cv. Negro JamapaDamien Formey |
| 12:10–12:30 | De México a Latinoamérica: bases de datos de productos naturales y exploración del espacio químicoJosé Luis Medina · a distancia |
| 12:30–12:50 | MicroAgroBiome: herramientas para explorar el metabolismo especializado y las interacciones ecológicas en microbiomas de la rizosfera de cultivosCésar Aguilar |
| 12:50–13:30 | Grupos de trabajo: diagnóstico de los recursos presentados y de PulmonDB, base de datos de expresión génica en enfermedades pulmonares (estado FAIR actual, áreas de mejora, objetivos a corto plazo y recursos de ELIXIR para alcanzarlos)Facilitan: Larisa Morales Soto y Patricia Carvajal |
Miércoles 18 de noviembre Día 3 · Interoperabilidad, estándares y soberanía de datos Auditorio, sin límite de cupo presencial · Dos ponencias en inglés
Descripción y horario
Estándares y portales para compartir datos de investigación, métricas para evaluar qué tan FAIR es un recurso, ontologías, minería de literatura con modelos de lenguaje y experiencias de ciencia de datos FAIR en Latinoamérica.
Horario
| Hora | Actividad |
|---|---|
| 10:00–10:30 | Federación global para descubrir e intercambiar datos de investigación en plantas: estándares y portalesCyril Pommier · a distancia · en inglés |
| 10:30–11:00 | BioDiv-FAIR-Checker: implementación de métricas FAIR para recursos de biodiversidadAlban Gaignard · a distancia · en inglés |
| 11:00–11:30 | Descanso |
| 11:30–11:50 | OBAGER (Ontology of Bacterial Gene Expression and Regulation), ontología de la expresión y la regulación génica en bacteriasCitlalli Mejía Almonte · a distancia |
| 11:50–12:10 | Uso de grandes modelos de lenguaje para la minería de información en la literatura sobre compuestos bioactivosAylin del Moral Morales · a distancia |
| 12:10–12:30 | Lecciones del ecosistema de ciencia de datos FAIR en bioimagen en LatinoaméricaAdán Guerrero |
| 12:30–12:50 | La urbanización como fuerza que transforma el microbioma intestinal: contraste metagenómico entre la comunidad indígena me’phaa y una población urbana de la Ciudad de MéxicoIsaac Santoyo |
| 12:50–13:30 | Sesión por confirmar |
Jueves 19 de noviembre Día 4 · Recopilación y anotación de recursos en registros interoperables
Descripción y horario
Se revisan los recursos y catálogos interoperables de ELIXIR y, en un hackathon, se buscan, recopilan y anotan recursos mexicanos en esos registros.
Horario
| Hora | Actividad |
|---|---|
| 10:00–11:00 | Recursos y catálogos interoperables de ELIXIRClaire Rioualen |
| 11:00–11:30 | Descanso |
| 11:30–13:15 | Hackathon: buscar, recopilar y anotar recursos mexicanos en los registros de ELIXIRClaire Rioualen |
| 13:15–13:30 | Encuesta de retroalimentación |
Viernes 20 de noviembre Día 5 · Hoja de ruta y planeación (sesión cerrada del comité organizador)
Descripción y horario
Sesión de trabajo exclusiva para el comité organizador; no está abierta a participantes ni se transmite. Se hace un balance de la semana y se preparan los siguientes pasos: el plan para ampliar y mejorar los recursos mexicanos con apoyo de ELIXIR, la solicitud a la Global Biodata Coalition para agregar los recursos que faltan en su lista y el informe de la reunión para las instituciones participantes.
Horario
| Hora | Actividad |
|---|---|
| 10:00–11:00 | Mesa redonda: resumen y lecciones de la semana, qué funcionó y qué no |
| 11:00–11:30 | Descanso |
| 11:30–12:30 | Mesa redonda: infraestructura para la bioinformática en México |
| 12:30–13:30 | Lluvia de ideas: un evento futuro de mayor escala, identificación de actores e inicio de la organización |
SEMANA 2
Del lunes 23 al viernes 27 de noviembre · de 9:00 a 16:30 h
Semana 2. Ciencia FAIR: manejo de datos, metadatos e inteligencia artificial en las ciencias de la vida
La segunda semana es de capacitación práctica. Cada día es un taller independiente sobre una etapa del manejo de datos: depositarlos en bases públicas, describirlos con metadatos y ontologías, aprovecharlos con inteligencia artificial (IA) y enseñar a otras personas a hacerlo.
Horario general: de 9:00 a 16:30, con descanso de 11:00 a 11:30 y comida de 13:30 a 15:00. El viernes termina a las 14:30.
Lunes 23 de noviembre Día 1 · Bases de datos en ciencias de la vida Todo el día en inglés
Descripción y horario
Cómo se depositan y se consultan datos en los grandes archivos públicos europeos: el European Nucleotide Archive (ENA), que resguarda secuencias de nucleótidos, y Ensembl, que reúne genomas anotados.
Horario
| Hora | Actividad |
|---|---|
| 9:00–9:30 | Presentación del curso y de participantesPatricia Carvajal |
| 9:30–11:00 | La importancia de las bases de datos genómicasMaira Ihsan · a distancia |
| 11:00–11:30 | Descanso |
| 11:30–13:30 | El ENA y el depósito de datosMaira Ihsan · a distancia |
| 13:30–15:00 | Comida |
| 15:00–16:15 | El navegador web de Ensembl (por confirmar) |
| 16:15–16:30 | Encuesta de retroalimentación |
Martes 24 de noviembre Día 2 · Metadatos, ontologías y grafos de conocimiento
Descripción y horario
Datos y metadatos van de la mano: un dato mal documentado es difícil de encontrar y de reutilizar. Este taller presenta qué son los metadatos, las ontologías y los estándares para describir datos biológicos y, con ejemplos sencillos, cómo construir y consultar grafos de conocimiento con RDF (Resource Description Framework), el formato estándar para describir datos como tripletas sujeto–predicado–objeto, y con SPARQL, el lenguaje para consultarlos.
Horario
| Hora | Actividad |
|---|---|
| 9:00–9:30 | Introducción: importancia y tipos de metadatosClaire Rioualen |
| 9:30–10:00 | Bases sobre ontologíasCitlalli Mejía Almonte · a distancia |
| 10:00–11:00 | Anotación de un conjunto de datos con ontologíasClaire Rioualen |
| 11:00–11:30 | Descanso |
| 11:30–12:30 | Esquemas de metadatos y BioschemasAntonio Hermoso Pulido · a distancia |
| 12:30–13:30 | Construir un grafo de conocimiento con el formato RDFClaire Rioualen |
| 13:30–15:00 | Comida |
| 15:00–16:15 | Explorar un grafo de conocimiento con SPARQLClaire Rioualen |
| 16:15–16:30 | Encuesta de retroalimentación |
Miércoles 25 de noviembre Día 3 · Conceptos básicos de la IA, bioinformática microbiana en la era de la IA: datos, predicción y automatización Auditorio, sin límite de cupo presencial
Descripción y horario
Los datos microbianos son complejos y diversos, y convertirlos en conocimiento y en predicciones confiables requiere buenos métodos de análisis y datos bien documentados. Existen agentes de IA capaces de automatizar flujos completos de análisis; este día examina si sus resultados son comparables con los de un análisis convencional. El día abre con los conceptos básicos de la IA y sigue con un taller práctico con datos de microbioma intestinal que compara un análisis convencional con uno automatizado por un agente de IA.
Horario
| Hora | Actividad |
|---|---|
| 9:00–11:00 | Conceptos básicos de la IA y de la IA generativa (ponencia y taller)Carlos Francisco Méndez Cruz |
| 11:00–11:30 | Descanso |
| 11:30–13:00 | Taller I. Análisis predictivo de microbiomas: del procesamiento de secuencias del gen 16S a un modelo que predice la enfermedad inflamatoria intestinalHéctor Hernández González y Miguel Magaña |
| 13:00–13:30 | Taller II. Preparación de un agente de IA para automatizar el flujo de análisisMiguel Magaña |
| 13:30–15:00 | Comida |
| 15:00–16:15 | Taller III. Ejecución del flujo con el agente y comparación con el análisis manual; discusión sobre los principios FAIR y el papel de las personas en la era de la IAHéctor Hernández González y Miguel Magaña |
| 16:15–16:30 | Encuesta de retroalimentación |
Jueves 26 de noviembre Día 4 · Aplicaciones de la inteligencia artificial en la investigación y la salud
Descripción y horario
El día abre con dos conferencias: una sobre recursos bioinformáticos para microorganismos y otra sobre herramientas matemáticas para estudiar comunidades microbianas. Después se trabaja en el uso de la IA con criterio en la investigación: cómo redactar instrucciones precisas para un modelo de lenguaje, cómo construir redes de conocimiento con un asistente de IA y qué aplicaciones tiene hoy la IA en la salud.
Horario
| Hora | Actividad |
|---|---|
| 9:00–10:00 | Conferencia: recursos bioinformáticos microbianos en el día a día: retos, oportunidades, integración FAIR e IALuis David Alcaraz |
| 10:00–11:00 | Conferencia: Identifying keystone species in the human microbiome and other complex microbial communitiesMarco Tulio Angulo · a distancia |
| 11:00–11:30 | Descanso |
| 11:30–13:30 | Instrucciones para modelos de lenguaje en tareas científicas (prompting; ponencia y taller)Heladia Salgado |
| 13:30–15:00 | Comida |
| 15:00–15:30 | La IA como colaboradora en la investigación: redes de conocimiento con Claude y Open Knowledge Format (demostración)Yalbi I. Balderas-Martínez |
| 15:30–16:15 | La IA y sus aplicaciones en salud (ponencia)David Escudero |
| 16:15–16:30 | Encuesta de retroalimentación |
Viernes 27 de noviembre Día 5 · Uso seguro de la inteligencia artificial y formación de formadores con IA Auditorio, sin límite de cupo presencial
Descripción y horario
La IA ya forma parte del trabajo diario en investigación, y usarla bien exige cuidado. En la primera parte se verá qué pasa con la información que se escribe en un asistente de IA, cómo proteger datos personales y sensibles, y cómo detectar datos o referencias inventados. En la segunda parte, un taller de formación de formadores, se presentará cómo crear una capacitación propia con ayuda de la IA: metas, público, ejercicios, materiales accesibles y evaluación, con el modelo 4D-Bio, que describe cuatro habilidades para usar la IA con responsabilidad: delegar, describir, discernir y actuar con diligencia.
Horario
| Hora | Actividad |
|---|---|
| 9:00–11:00 | Uso seguro de la IA (ponencia y taller)Gabriel Gómez |
| 11:00–11:30 | Descanso |
| 11:30–12:30 | Formación de formadores con IA, parte 1: metas, público y programaYalbi I. Balderas-Martínez |
| 12:30–13:30 | Formación de formadores con IA, parte 2: uso responsable de la IA con el modelo 4D-BioLarisa Morales Soto · a distancia |
| 13:30–14:00 | Encuesta de la semana |
| 14:00–14:30 | Cierre y conclusiones del tallerEquipo organizador |
El programa puede cambiar. Los nombres que faltan se publicarán cuando estén confirmados.
Registro
Un solo formulario sirve para las dos semanas; en él se elige la semana y la modalidad. Incluye una sección opcional para quienes desarrollan o mantienen un recurso bioinformático, que servirá para construir el catálogo de recursos de México.
- Apertura: lunes 28 de septiembre de 2026.
- Presencial: cierra el jueves 22 de octubre de 2026. Las personas participantes se seleccionan a partir de las respuestas, y el resultado se confirma por correo.
- A distancia: abierto hasta que empiece el taller.
- El taller no ofrece becas ni apoyos de transporte, hospedaje o viáticos. Quien no pueda viajar a Cuernavaca puede participar a distancia.
El tratamiento de los datos personales se describe en el aviso de privacidad que aparece al inicio del formulario.
Sede
Centro de Ciencias Genómicas (CCG) de la Universidad Nacional Autónoma de México, en Cuernavaca, Morelos. Las sesiones se realizan en el Aula 1 del área de docencia (lunes, martes y jueves) y en el Auditorio Dr. Guillermo Soberón (miércoles y viernes), y se transmiten en línea. En el programa, «a distancia» indica que la persona ponente se conecta en línea, y «en inglés», que la ponencia se imparte en ese idioma.